Po marných snahách získat povolení ke zřízení vysoké školy pro evangelickou teologii v rámci Rakousko-Uherska byla zákonem z 8. dubna 1919 zřízena Husova československá evangelická fakulta bohoslovecká. Vznikla jako autonomní ústav se všemi právy a výsadami vysoké školy (včetně práva promočního), nikoli jako součást Karlovy univerzity. (Žádosti o inkorporaci nebyly schváleny.)

17. listopadu 1939 byla spolu s ostatními vysokými školami uzavřena okupačními úřady (teologické vzdělávání probíhalo pololegálně v rámci církve).

V činnosti pokračovala po válce do roku 1950, kdy byla vládním nařízením rozdělena na dvě samostatné fakulty: Husovu československou bohosloveckou fakultu (dnešní HTF) a Komenského evangelickou bohosloveckou fakultu – dnešní ETF.

V této podobě pracovala fakulta jako centrum vzdělávání teologů pro řadu protestantských církví až do 10. 5. 1990, kdy byla inkorporována do svazku Univerzity Karlovy v Praze jako Evangelická teologická fakulta.

Současnost

V roce 1995 se fakulta nastěhovala do nově adaptované budovy palác Marathon na Novém Městě pražském (Černá 9). V pěti nadzemních podlažích budovy jsou posluchárny, seminární místnosti, pracovny kateder i administrativní zázemí (studijní, zahraniční a ekonomické oddělení, sekretariát), v přízemí a dvou podzemních podlažích je moderní fakultní knihovna s více než 100 tisíci titulů odborné literatury a několika desítkami studijních míst.